Les trois artistes se sont rencontrés dans les années 1990 au Teignmouth Community College, à Teignmouth dans le Devon (Royaume-Uni). Ils appartiennent alors à des formations musicales différentes. En 1992, âgés de 15 ans, ils créent le groupe Gothic Plague. Après sa création, le groupe change fréquemment de nom, comme Carnage Mayhem, Fixed Penalty, ou Rocket Baby Dolls (cet ordre est incertain, puisque Muse a donné des interviews contradictoires à ce sujet). Ils peinent à se faire connaître en dehors du Devon.

En 1994, ils remportent un concours musical à Teignmouth, sous le nom Rocket baby dolls (ces concours, intitulés battles of the bands, sont fréquents en Grande-Bretagne). La plupart des groupes qui y participent jouent de la musique pop ou funk, reflet de la scène musicale locale du moment. À la grande surprise du jeune groupe britannique, ils remportent le concours. Bellamy explique ainsi leur victoire : « Nous sommes arrivés sur scène, le visage totalement maquillé, nous étions très agressifs, nous jouions violemment et avons tout cassé sur scène. Tout cela pour dire que nous étions motivés, que cette attitude et cette volonté ont beaucoup fait. Nous avons ainsi gagné. »

Après cette victoire, les membres du groupe décident d'abandonner leurs études et de se consacrer entièrement à la musique. Sous le nom de Muse, ils donnent des concerts dans des clubs locaux, notamment le Cavern in Exeter

Bien que Muse soit un groupe britannique, ses membres ont toujours cherché à se démarquer de la Britpop, même si celle-ci connaît un énorme succès, notamment à l'époque de leurs débuts. Leurs principales influences sont la scène grunge du début des années 1990, Nirvana notamment, ainsi que le rock mélancolique et envolé de Radiohead (Ce groupe se détachant également de la Britpop par leur anti-conformisme). Muse introduit beaucoup d'autres influences dans ses musiques, notamment dans leur dernier album Black Holes and Revelations, notamment Queen, Prince et des rythmes hispanisants.

Au cours d'une série de concerts à Londres et à Manchester, ils tentent de se faire connaître, car ils ne comptent pas devenir célèbres en restant dans leur ville natale. C'est alors qu'ils font la connaissance de Dennis Smith, le propriétaire de la maison de disques Sawmills. Ils sortent leur premier « EP » (mini-album), en 1997 sous le label Dangerous Records. La sortie de leur second mini-album, Muscle Museum, marque un tournant dans la carrière de Muse en attirant l'attention du journaliste musical Steve Lamacq, qui écrit un article sur eux dans le magazine « New Musical Express » (plus connu sous le nom « NME »).

En 1998, Dennis Smith crée la maison de disques Taste Media spécialement pour Muse, qui éveille rapidement l'intérêt d'autres maisons de disques. Ils peuvent ainsi garder une certaine liberté de création.

La percée (Showbiz, 1999-2000)

Ils signent ensuite avec Maverick Records aux États-Unis, ce qui leur permet de faire des concerts aux États-Unis. À leur retour au Royaume-Uni, Taste Media les fait signer avec plusieurs labels en Europe (Motor Records en Allemagne, Mushroom Records au Royaume-Uni et Naïve Records en France) ainsi qu'en Australie. Leur premier album, Showbiz (1999), est produit par John Leckie (qui a travaillé avec Radiohead sur l'album The Bends). Le style agressif de cet album et les nombreuses références lyriques rappellent le groupe à ses débuts.

La sortie de Showbiz leur permet d'assurer la première partie des concerts de Foo Fighters et de Red Hot Chili Peppers aux États-Unis devant plus de 20 000 spectateurs.

En 1999 et en 2000, Muse participe aux plus grands festivals européens, et donne des concerts au Japon et en Australie, faisant ainsi de plus en plus d'adeptes en Europe de l'Ouest.

Lors d'un long voyage, c'est Matt qui écrira les chansons les plus populaires de l'album (Sunburn, Muscle Museum, Cave...).

Le nom Muscle Museum vient du fait que « muscle » est le mot juste avant « muse » dans le dictionnaire anglais, et que « museum » celui juste après.

La consécration (Origin of Symmetry, 2001-2002)

Matthew Bellamy en 2003

Le groupe s'assagit et écrit son deuxième album, Origin of Symmetry. Cet album est novateur, et propose un style plus imposant et des sons plus électroniques que le précédent.

En 2002, ils sortent un CD et un DVD live, Hullabaloo, enregistrement de leur concert à Paris. Ces sorties permettent à Muse d'atteindre les sommets des ventes britanniques.

Soulignons la présence sur cet album des plus grands succès de Muse, entre autres Bliss, New Born ou encore Feeling Good (repris de Nina Simone).

La confirmation mondiale (Absolution, 2003-2004)

Le 22 septembre 2003 sort leur troisième album, Absolution, qui leur vaudra un large succès et une notoriété mondiale. L'album comporte le titre diffusé sur Internet Stockholm Syndrome, ainsi que le single Time is Running Out. Fort du succès de cet album, le groupe entame une longue tournée qui le mènera sur les plus importants festivals d'Europe et se terminera au Earl Court de Londres. Malgré cette popularité accrue en Europe, le groupe a du mal à percer sur le continent nord-américain.

Le renouveau (Black Holes and Revelations, 2006-2007)

Black Holes and Revelations est le quatrième album de Muse, sorti en 2006. Ce nouvel opus subit une influence electro et le style du groupe s'enrichit de nouvelles sonorités. Il comprend 11 chansons (12 sur la version japonaise). D'après le bassiste du groupe, Chris Wolstenholme, 20 chansons auraient été enregistrées en studio, laissant place à un éventuel EP en 2007.

On compte également plus de b-sides à la sortie de l'album que sur toute la période Absolution, ce qui témoigne d'une forte inspiration : Crying Shame, Glorious et Easily.

Black Holes and Revelations présente un véritable mélange des genres, avec des sonorités électroniques proches des groupes ABBA, Queen, Depeche Mode. ( cf Inspirations )

L'album est un succès: au bout de 6 mois et demi d'exploitation, il s'est vendu à près de 3 millions d'exemplaires, dont la moitié en Europe. Près de 4 aujourd'hui.

Muse a aussi confirmé son statut de groupe live grâce à plusieurs récompenses telles que le Q Award du meilleur concert (Best live act) et a aussi reçu une récompense aux Brit Awards.

Le groupe donnera au mois de juin 2007, trois concerts exceptionnels, les plus grands de leur carrière, pour inaugurer le Wembley Stadium le 16 et 17 juin devant 180.000 personnes et le 23 juin au Parc des Princes (50.000 personnes).